之前讲到抗日战争迸发后，邓叔群随中心研讨院先后迁至湖南南岳和广西阳朔。1939年，日寇迫临广西，在阳朔暂驻年余的中心研讨院动植物研讨所迁往重庆。邓叔群对这种不断流亡和漂泊的日子十分厌烦，计划留在广西，参与五路军，到前哨去和日寇血拼。
云飞：“路军”，又称“路”，本是作战中暂时编组的战争军团，一般在战后即撤销。北伐战争时，国民革新军即有路军的编制。1929年编遣会议后，共编26路军，如1931年参与淞沪抗战是第十九路军。路军的编制不固定，大小不一，有的辖两三个军，有的直辖若干个师。1937年2月，广西桂军承受一致编号，原运用的国民革新军第4集团军编号撤销，改为国民革新军第五路军，总军力约5万人。第八路军，原是北伐战争中留守广东的粤军部队编成，李济深、陈济棠先下一任总指挥。军力最多时曾编有7个军。1936年7月，陈济棠联合广西李宗仁、白崇禧发起反蒋的“两广事故”失利后，国民政府军事委员会趁机撤销了第八路军编号。我国工农赤军主力于1937年8月25日改编为国民革新军第八路军，9月12日又按全国一致的战斗序列改称为国民革新军第十八集团军，八路军总指挥部改称第十八集团军总司令部，八路军总指挥朱德、副总指挥彭德怀改称第十八集团军总司令、副总司令。
五路军的长官天然不会答应一位大教授去前哨作战，邓叔群的希望没有完成，只好撤往重庆。他怀着满腔悲愤写下《勇士们行进》：
抵达重庆后，动植物研讨所进驻北碚，几个月后邓叔群有了自己的办公室。可是他放下真菌学，捡起林学，要为国家的林业作些实际作业。
云飞：嗯。在回国初期任教期间，邓叔群从事的研讨作业侧重于水稻、小麦和棉花的病害及其防治，由于他清楚地意识到，这些首要农作物的大面积病害对广阔农人来说意味着什么。可是事实是：尽管他宣布了10余篇论文，尽管他在试验田中获得成功后，亲身背上喷雾器跑到邻近的乡村去辅导农人，为他们演示，但在其时的社会条件下，他的研讨成果不或许推广应用。
他在自传中写道：“因我国林业最不景气，而林业关于我国公民的影响比植物病理还要大得多。抗日兵士在前哨流血，我干脆到最终方去喫苦，希望能做些关于公民有利益的作业。” 此刻，中心农业试验所也迁来重庆，邓叔群的老熟人钱天鹤和沈宗瀚先下一任该所负责人，他们了解邓叔群的学术水平缓作业干劲，便为他供给一笔经费，作为实地勘察川康森林之用，而邓叔群是中心研讨院的人，可以说这是一方出钱，一方出人的协作项目。
1939年，邓叔群等人从重庆动身，至雅安，过大渡河，抵达坐落大渡河支流松林河沿岸九龙县的洪坝。他们在这个当地进行了数十天比较全面详细的森林查询。大渡河以水急滩险而出名，松林河的水流更为湍急，险滩很多，当年渡河靠的是过索子。
云飞：汹湧汹涌的大渡河水，在邛崃西山和横断山之间吼怒飞跃。特别是夏秋之间，洪水暴升，木船、牛皮船底子没办法渡河，两岸十多个民族间的人员交游和物资交流就此中止。所以代代相互依存，天伦之乐的筰都夷和牦牛夷等部族，因地制宜，砍来竹子，剖竹为篾，编篾为圆形中空的蔑索（俗称篾龙），长达数十丈，贯以健壮中空的木筒（俗称溜壳子），然后施索于两山之间，横跨于大渡河上，架成了溜索桥。要过河时，在筒下系一横木，曰：骑马棒，人跨其上，以绳缚身于筒，然后双手攀援过河，这便是远古筰都夷和牦牛夷渡河的溜索桥，当地人把过溜索桥称为“过索子”。随技能进步，溜索桥分“陡溜”和“平溜”两种：陡溜于同一地址架两根溜索，由河东到河西则东高西低，河西回河东则西高东低，首要为省力；平溜有在溜壳子下用绳拴一健壮的长形篾筐，人坐筐中，溜壳子上拴一根回索由人拉渡，从东到西则西岸的人拉，由西到东则相反。陡溜因无回索，在即将抵达对岸的溜索弧形谷底时，要以手攀援，有时半途要歇几回，方能抵达对岸。对溜索桥的描写有唐代独孤及的《四言诗》：
洪坝林区鲜有人迹, 水急而无法由河流运送木材，除很少采药人和猎户偶然进入林区外，底子无人进入林区，这儿保存着完好的原始森林。林区有高逾70米的麦吊云杉，挺立苍劲的冷杉。每逢雨后，晴空万里，西眺万年雪山，东观千岁绿林。林区入口处是彝族小寨子。遇到雨天，路途泥泞浑浊，难以下足。他们抵达后，在寨子借住，房子都是石砌碉堡式修建，昏暗湿润，跳蚤成堆。
云飞：不是，但间隔不远。彝海属冕宁，该县西连九龙、木里。1935年5月22日，在冕宁县袁居海子（今彝海子），时任赤军总参谋长兼先遣军司令员和彝族果基家支头人果基约达（小叶丹）结为兄弟。依照彝族礼仪，杀了一只大红公鸡，却没找到酒，就以水代酒。面对着湛蓝的天空和明澈的湖水，和小叶丹来到海子边严肃跪下，面前摆着两碗滴过鸡血的水。高高端起碗，大声立誓：“上有天，下有地，我与小叶丹今日在海子边结义为兄弟，如有重复，不得善终。”说罢，一饮而尽。小叶丹也端碗发誓：“我小叶丹今日与刘司令员结为兄弟，如有三心二意，同此鸡相同死。”说罢，也一饮而尽。尔后，彝族同胞护卫赤军通过彝区，不只为赤军飞夺泸定桥，强渡大渡河赢得宝贵时间，也在彝区埋下革新火种。尽管赤军长征没有通过洪坝，可是开国十大元帅除陈毅外，长征时都到过甘孜藏区。扯远了，马上来回来。
查询团连同导游和工人近10人，粮食靠雇工时运不好，林区海拔超越3000米，空气稀薄，气压低，只能用火米（晾干的熟米饭）烧饭，或用玉米面在火上贴饼子。林区被原始森林密密掩盖，由寨子进入林区，底子无路，只能缘溪谷进入。那里找不到略微宽阔的平整地，只能在林区边际稍加挖垫，搭个小帐子栖息，再在帐子前烧一堆篝火，用以煮饭、烘烤湿衣和防护野兽。在洪坝林区，邓叔群创造英文歌“振作起来”，歌词粗心：
在邓叔群领导下，查询团估测了林区面积、森林积蓄量，绘出了林区简图。在林区中测定云杉、冷杉等成长量时，树的直径长达1米以上，高至30多米，他们将样本采伐后，锯断10余段，逐段计数年轮，使数据更为牢靠。这是我国初次研讨首要林木成长量，丈量、制造我国第一批原木材积表。这次的查询作业的产出是《洪坝森林之研讨》，这篇陈述成为我国林学文献经典。一同，邓叔群还以“今日我国的林业问题”为题写下对国家林业政策的建议。文章指出，急需确认林业政策，比如森林维护政策和办法、政府办理机制、林学教育及林学研讨与查询等，而其时急需解决的问题是在中心政府一致操控下，勘察现有森林，科学办理，以便继续出产木材。他认为现有森林不能由个人或私家安排合法占有，要尽或许遭到中心政府的一致办理，并继续造林，谋福公民。他还指出，强有力和有用的、安稳和廉洁的政府机器，高标准的培训中心和技能班子，活泼而有用作业的研讨和查询等等是履行该政策的肯定必要条件。可是，希望是夸姣的，现实是骨感的，这些建议在其时，不或许执行。
1940年，邓叔群由云南丽江北上，经永宁而至康定、木里等雅砻江两岸林区，在几个月的艰苦作业中，他们查询了丽江云杉、长苞冷杉、红杉落叶松、云南松、华山松、红桦、高山栎等7个树种的生态、积蓄量、成长量和病虫害状况。还依据查询的终究成果提出运营政策、更新方法、维护技能办法和战略。这次的查询作业的产出是《我国天然林办理法之研讨（一）》。
在林区作业时，常遇阴雨连绵，但每日作业根本按计划进行。邓叔群常常带领帮手一同参与砍木、锯木作业。为鼓舞士气，他坚持写英文歌，并教咱们一同唱。
在漆黑时间坚持决心，最终成功归于咱们、奋斗和奋斗，振作咱们的责任，用刚强的毅力和勇气，为咱们心爱的祖国而牺牲。
邓叔群在清华就酷爱运动，在康奈尔是游水和手球健将。在林区作业期间，他喜爱和伙伴们扳手腕角力。中年教授竟将一个个年轻人打败。查询途中，常有景色绝佳之地，邓叔群绝不留连，通过乡镇时，他要求赶快处理必需品收购，赶快进入林区。可是，身处原始森林，近涉高原平湖，远眺冰川积雪，初夏山沟一片赤色杜鹃花，这一切都令他激动不已。
除了天然条件艰苦外，许多人为的困难令邓叔群十分动火。他曾这样记叙：“到康守时，本拟北上查询，因中农所汇款拖延，滞此十余日，生计贵重，预算将尽，而旱季又无法作业。祗得暂作去来计。但汇款石沉大海，不名一文，举债度日，困守斗室中，穷极无聊，爰作康定囚认为誌。”邓叔群用歌曲《松花江上》的调子填写歌词：
他建议建立丽江国有林区，建造国家级森林公园。今日，丽江至川北一带，不只森林得到有力的维护，建立了天然维护区，并且成了令中外游客拍案叫绝的旅游胜地，或可安慰前辈。
同年，邓叔群在清华和康奈尔的老同学张心一被国民政府委任为甘肃省建造厅厅长。
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